Náhodný objav 

Hypogeum (po grécky podzemie) bolo objavené náhodou v roku 1902, keď robotníci, ktorí hĺbili cisterny pre novú bytovú výstavbu, prerazili strechu pohrebiska. Pracovníci sa najprv snažili nálezisko ukryť, lebo to mohlo viesť k pozastaveniu stavby. Jeho vrchné časti sa stali dokonca skládkou stavebného odpadu. Úrady sa o Hypogeume dozvedeli až v dobe, keď už nad nim boli postavené obytné domy. Následne prebiehalo dlhé skúmanie novoobjaveného podzemného komplexu, pričom vláda z neznámych dôvodov odmietala o objave informovať verejnosť. 

Počas vykopávok bola časť nálezov Hypogeumu, vrátane hrobových predmetov a ľudských pozostatkov, vyprázdnená a zlikvidovaná bez toho, aby bola riadne katalogizovaná. Okrem toho boli stratené aj správy o Hypogeume. Tie spísal vtedy už zosnulý vodca prvej archeologickej expedície Manuel Magri. Vykopávky pokračovali pod vedením Sira Themistoclesa Zammita, ktorý sa pokúsil zachrániť, čo sa dalo.  Zammit začal publikovať sériu správ v roku 1910 a pokračoval vo vykopávkach až do roku 1911, pričom svoje nálezy uložil v Národnom múzeu archeológie vo Vallette.

Hypogeum bolo prvýkrát otvorené pre návštevníkov v roku 1908, ešte v tom čase prebiehali vykopávky.  Štyri domy postavené na mieste starovekej stavby boli zbúrané a na ich mieste postavili múzeum. Častá návštevnosť turistov mala však negatívny dopad na starovekú stavbu. Nepomohla tomu ani druhá svetová vojna, počas ktorej slúžil komplex ako úkryt pred nemeckým bombardovaním. Prvé skutočné pokusy o zachovanie lokality sa začali až v roku 1990, keď bolo Hypogeum na desaťročie zatvorené turistom.  

Maľby v podzemí

Hypogeum pozostáva zo siení, komôr a chodieb vytesaných do živej skaly. Celý komplex pritom pokrýva rozlohu približne 500 metrov štvorcových. Komory vytesané do kameňa sú mnohých tvarov a veľkostí, dokončené podľa rôznych štandardov spracovania. Pôdorys samotného Hypogeumu je séria troch nad sebou umiestnených úrovní komôr. Najvyššie poschodie tvorí veľká priehlbina s pohrebnými komorami po stranách. Táto oblasť mohla byť pôvodne vystavená oblohe. Vykopávky zo začiatku 90. rokov 20. storočia naznačujú, že tu pravdepodobne stála monumentálna stavba označujúca vchod. 

Stredná úroveň obsahuje jedni z najznámejších prvkov Hypogea. Patria medzi ne zložité nástenné maľby v červenom, okrovom prevedení a vyrezávané prvky, ktoré pripomínajú architektonické články bežné v megalitických chrámoch. Najhlbšia z troch úrovní, známa ako nižšia úroveň, je prístupná po siedmich schodoch z komory, ktorá je všeobecne známa ako „Svätá svätých“. Usudzuje sa, že je orientovaná tak, aby svetlo zo zimného slnovratu osvetľovalo jej fasádu z pôvodného otvoru nad ňou.

Chrám alebo pohrebisko?

Odborníci sa domnievajú, že Hypogeum bolo pôvodne systémom niekoľkých desiatok menších jaskýň prírodného pôvodu, no väčšie časti boli vytvorené ľuďmi. Svedčí o tom aj obrovské množstvo kostí, ktoré počas vykopávok objavili, pričom ich počet odhadli až na 6 000 ľudských tiel. Tieto dôkazy dopomohli vytvoreniu domnienky, že celý komplex je obrovským pohrebiskom, táto teória sa však nikdy nepotvrdila. Oponuje tomu aj objavenie podzemnej studne. Niektorí archeológovia preto tvrdia, že stavba slúžila ako pohrebisko neskôr, keď už sa nepoužívala na pôvodný účel. 

Odborníci sa taktiež domnievajú, že Hypogeum bolo pôvodne svätyňou, miestom na modlitby a uctievanie, z ktorého sa neskôr stalo pohrebisko. Túto teóriu podporuje aj vzhľad jednotlivých komôr, keďže tie svojou štruktúrou pripomínajú chrámy. Vykopávky, ktoré sa začali už v roku 1904, odhalili množstvo nálezov, ako sú zdobené keramické predmety, gombíky vyrobené z mušlí, kamenné korálky, amulety, malé vyrezávané zvieratá a vtáky, ktoré sa mohli nosiť ako prívesky. V komplexe boli nájde aj figúrky ľudských postáv.  Najvýraznejšou z nich je ikonická tučná žena ležiaca na pohovke, známa ako „Spiaca dáma“, ktorá je momentálne vystavená v Národnom múzeu archeológie vo Vallette. 

Náboženstvo pôvodných staviteľov bolo podľa všetkého spojené s kultom „Matky Zeme“. Pravdepodobne verili, že určité náboženské obrady vykonávané pod zemou symbolizujú dočasný návrat do lona „Matky Zeme“, z ktorej pochádza všetok život.

Zánik a pokus o záchranu 

Hypogeum v Ħal Saflieni bolo prvýkrát otvorené pre verejnosť v roku 1908 a odvtedy ho navštívili tisíce ľudí. Nanešťastie to malo zlé následky na jeho jemnú mikroklímu, ktorá ovplyvnila zachovanie lokality a unikátne červené okrové maľby.  Z tohto dôvodu bol vytvorený projekt ochrany, v rámci ktorého bola lokalita medzi rokmi 1990 až 2000 uzavretá, pričom vláda zaviedla nový systém environmentálneho manažmentu. Ten bol po rokoch sledovania a štúdií nahradený a aktualizovaný. 

Kvôli prísnym opatreniam je Hypogeum síce otvorené 8 hodín denne, ale každú hodinu do neho môže vstúpiť len 10 návštevníkov v rámci exkurzie. Toto opatrenie je doplnené o systém kontroly prostredia, ktorý udržuje teplotu a vlhkosť na požadovaných úrovniach, čím zaisťuje zachovanie lokality pre budúce generácie.